No obstante su atinada y benéfica política gubernamental, Abascal no pudo evitar la inquietud liberal y las insurrecciones que brotaban por doquier y tuvo que emplear enérgicas medidas para reprimirlas, especialmente en las provincias del Alto Perú.Al tener conocimiento de las reuniones secretas de los maestros de San Fernando los hizo vigilar y mediantes severas advertencias logró evitar que continuaran en sus propósitos.
Gobernó el Perú durante 10 años, del 26 de julio de 1806 al 7 de julio de 1816, dejando a su sucesor Joaquín de la Pezuela una "Memoria" de su gobierno, redactada por el doctor Hipólito Unanue.
En mérito a sus esfuerzos por la paz y prosperidad del Perú fue honrado por el monarca español con el título de marqués de la Concordia. Falleció en Madrid el 31 d ejulio de 1821
